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A história de Cherepovets como assentamento começou com a fundação de um mosteiro em meados do século XIV, na confluência dos rios Sheksna e Yagorba. A fundação da cidade é tradicionalmente atribuída aos monges Feodosiy e Afanasiy. O mosteiro foi mencionado pela primeira vez em registros escritos no ano de 1449. Um pequeno vilarejo, conhecido como Fedosyevo, cresceu em volta dos prédios do mosteiro e da igreja. Esse vilarejo é hoje o coração da moderna Cherepovets. A condição oficial de cidade chegou em 1777 por ordem da Imperatriz Catarina, a Grande.

Sistema Mariinska

A construção do Sistema de Canais Mariinska (atualmente conhecido como Hidrovia Volga-Báltico) foi uma das mais significativas conquistas da engenharia, no início do século XIX. O Sistema ligou Cherepovets ao Volga e ao Mar Báltico..

Oxford da Rússia

No final do século XIX foi criada uma universidade mecânica e aberto um ginásio para estudantes do sexo feminino. A cidade começou a adquirir a fama de Oxford da Rússia. No entanto, a população ainda era pequena, chegando a apenas 30.000 pessoas no final da década de 1930. A cidade cresceu rapidamente após a II Guerra Mundial. O boom industrial ocorrido entre as décadas de 1950 a 1970 resultou em um grande aumento de sua população. Uma população urbana começou a crescer na zona sul da antiga cidade.